nathan-wolfe

Preventing Epidemics Through Data

The last few years have seen outbreaks of disease move across the world with astonishing swiftness. Nathan Wolfe, one of Time magazine’s most influential people of 2011, called swine flu the Facebook of diseases, referring to the speed with which it went from killing zero humans to a hundred. Mr Wolfe founded and runs Global Viral Forecasting, which is dedicated to spotting potential epidemics before they become hugely dangerous. His organisation is an interdisciplinary initiative that mixes together social scientists, data scientists and techies.

“Contact between humans and animals is often the first point of transmission for new viruses,” he said. Studies that focus on the interaction between them are hugely helpful. But virus hunters no longer just tramping through jungles to spot new diseases. They are increasingly sifting through vast quantities of data – “on your mobile phone, on blogs, in open source intelligence” – to find potential disease outbreaks. 

GVF’s work includes using natural language processing algorithms to spot these trends without the need to actually look for specific keywords. This helps them identify risk through low-level chatter before a disease has even been identified. There is now an incredible capacity to not just collect but understand all this information, he said. Mr Wolfe’s believes that by analysing multiple data sets, it should be possible to not just cure the next small pox but to stop the next HIV/AIDS pandemic. Prevention is, after all, better than cure. 

youtube

“We live at this moment in history where we’re going to have more and more pandemics. It’s the nature of the way that our species is.” -Nathan Wolfe

The original strain of H5N1, explains Wolfe, jumped directly from birds to humans. Other viruses, meanwhile, make the leap to domestic animals before infecting humans; that mixing can then introduce deadlier strains of unknown viruses into the world. “So what happens is you have a particular pig out there and it could get infected with two different viruses — maybe one that’s been in human and one that’s been in the original reservoir of a bird — and they can mix and match their genes and create mosaic daughter viruses that will have completely novel properties,” he says.

- via Fresh Air Interview with Nathan Wolfe: The Man Who Tracks Viruses Before They Spread

youtube

We’ve been to the moon, we’ve mapped the continents, we’ve even been to the deepest point in the ocean – twice. What’s left for the next generation to explore? Biologist and explorer Nathan Wolfe suggests this answer: Almost everything. And we can start, he says, with the world of the unseeably small.

Watch on thelavinagency.tumblr.com

PBS’s NewsHour interviews virus hunter Nathan Wolfe.

BLACK Lab Presents...




  1. Qwel & Maker - Ruby Ragdollene
  2. Qwel & Maker - Back Stage Pass
  3. Qwel & Maker - El Camino
  4. JFK - Bwwd Intro
  5. JFK - Still Running (Feat. Xperience)
  6. JFK - Mistaken Identity
  7. Jewels Hunter - The Toolbox (Spoken Interlude)
  8. Jewels Hunter - Part Time Ventriloquists (Feat. Robust)
  9. Jewels Hunter - The Hueman Pain
  10. Graves33 - Run It
  11. Graves33 - Fool Gold Bouillon
  12. Graves33 - Meditation Frequency
  13. Nathan Wolfe - Burgundy Bricks
  14. Nathan Wolfe - Fringe Statements
  15. Nathan Wolfe - Fair Weather Vagabond
  16. Dead Noise - Electro-rotica
  17. Dead Noise - Holla
  18. Dead Noise - iDeadth
THIS ALBUM WAS PUT TOGETHER NOT ONLY TO HELP PROMOTE A GREAT SHOW, BUT ALSO TO GIVE THE LISTENER A CHANCE TO HERE EACH ARTIST THATS INVOLVED WITH IT. THIS IS A LIMITED EDITION PROMO CD THAT WILL ONLY BE PRESSED UP ONCE. THERE WILL ONLY BE A FEW HUNDRED COPIES ALL TOGETHER. BY POSTING IT ONLINE, IT GIVES PEOPLE A BRIEF CHANCE TO GRAB THE FULL LENGTH ALBUM FROM THE COMFORT OF THEY’RE HOMES. THIS PROMO CD IS 75MIN LONG, HAS THREE SONGS A PIECE FROM EACH OF THE ARTISTS NEW ALBUMS AND ALSO ONE TRACK FROM EACH OF QWEL & MAKER’S FIRST TWO ALBUMS AS WELL; 20 TRACKS IN TOTAL! IT IS A MESH OF STYLES AND SOUNDS. THERS A LITTLE SOMETHING FOR EVERYONE ON THIS ONE!


DOWNLOAD THE WHOLE ABLUM HERE
youtube

“Why we have virus outbreaks & how we can prevent them”-Nathan Wolfe

Watch on thenotsolonelygod.tumblr.com

“There are unknowns all around us, and they’re just waiting to be discovered”- Nathan Wolfe

youtube

(via https://www.youtube.com/watch?v=qy-Qc-jdjnc)

This is one of my favorite Sterek vids ever! The one who created it is beyond amazing!

#new by dr. Nathan Wolfe (@virushunter): The Viral Storm, the dawn of a new pandemic age

  Do you think you know all about the risk of a global pandemic? The threat could be far greater than we had ever imagined. In this important new book, award-winning biologist Nathan Wolfe examines the world of viruses and points the way forward, examining how new technologies can be brought to bear in the most remote areas of the world to neutralize these viruses and even harness their power for the good of humanity.

Wolfe’s research missions to the jungles of Africa and the rain forests of Borneo have earned him the nickname ‘the Indiana Jones of virus hunters’, and here he takes readers along on his groundbreaking and often dangerous research trips to reveal the surprising origins of the most deadly diseases and to explain the role that viruses have played in human evolution.

In The Viral Storm Wolfe tells the story of how viruses and human beings have evolved side by side through history; how deadly viruses like HIV, swine flu, and bird flu almost wiped us out in the past; and why modern life has made our species vulnerable to the threat of a global pandemic. His provocative vision of the future will change the way we think about viruses, and may even remove a potential threat to the survival of humanity itself.   Dr. Nathan Wolfe founded Global Viral Forecasting (GVF), a hybrid company, to predict and prevent pathogen threats. GVF directs more than 100 scientists worldwide and is active in more than 15 countries. Among Dr. Wolfe’s discoveries are the origin of malaria and the first evidence of retroviruses jumping from nonhuman primates to humans. He has published extensively and his work has appeared in or been covered by Nature, Science, The New York Times, The Economist and Forbes, among others. He has received support of over US$ 30 million from Google.org, the NIH, Gates Foundation, Merck and the US Department of Defense. He serves on the editorial board of EcoHealth and is a member of DARPA’s Defense Science Research Council. Dr. Wolfe was awarded the prestigious NIH Director’s Pioneer Award and is currently a National Geographic Emerging Explorer. He was recognized as one of Popular Science’s 'Brilliant 10,’ and Rolling Stone’s 'Top 100 Agents of Change.’ He received his bachelor’s degree from Stanford and his doctorate from Harvard  

  Nathan Wolfe - The Viral Storm € 19.95 | paperback | 300 pages
youtube

Kısa bir süre önce Wisconsin'da Beloit'u ziyaret ettim. 20. yüzyılın büyük bir kaşifini anmak için oradaydım, Roy Chapman Andrews. Amerikan Doğa Tarihi Müzesi'nde çalıştığı dönemde, Andrews, keşfedilmemiş bölgelere seferler düzenlemişti, burada Gobi Çölü'nde olduğu gibi. Etkileyici bir görüntüsü vardı. Söylendiğine göre, sonradan Indiana Jones karakterine ilham kaynağı olmuştu.

Ve ben Wisconsin Beloit'dayken, bir grup ortaokul öğrencisine bir konferans verdim. Ve size şunu söyleyebilirim, burada TED'de konuşmaktan daha ürkütücü bir şey varsa, o da, 12 yaşında bin kişilik bir grubun 45 dakikalık bir konferans süresince ilgisini korumaktır.Bunu denemeyin.

Konferansın sonunda çok sayıda soru sordular, fakat bir tanesi özellikle aklımda yer etti.Küçük bir kız ayağa kalktı, ve şöyle sordu: "Biz nereyi keşfedelim?“

Sanıyorum çoğumuzda şöyle bir düşünce var, sanki dünyadaki büyük keşif çağı sona ermiş ve bir sonraki jenerasyonun kayda değer bir keşifte bulabilmesi için uzaya veya okyanusların derinliklerine gitmeleri gerekecek. Peki gerçekte böyle mi? Dünyada gerçekten keşfedilecek kayda değer hiçbir yer kalmadı mı?

Bu bana biyoloji tarihinde en sevdiğim kaşiflerden birini anımsattı. Martinus Beijerinck, gizli kalmış dünyanın kaşifiydi. Beijerinck, tütün mozaik hastalığını araştırmak için yola çıkmıştı. Yaptığı da, hastalıklı salgıyı tütün bitkilerinden alıp gittikçe küçülen filtreler kullanarak filtrelemekti. Ve bunların sonunda öyle bir sonuca vardı ki, bilinen en küçük yaşam formundan daha da küçük şeyler olmalıydı – o zaman için, bu bakteriydi. Bu gizemli yeni ajanı için bir isim buldu. Ona virüs adını koydu – Latince "zehir”. Ve virüslerin keşfiyle, Beijerinck bize bu yepyeni dünyanın kapılarını açtı.

Artık biliyoruz ki virüsler, gezegenimizdeki genetik bilginin çoğunluğunu oluşturuyor, diğer tüm yaşam formlarının toplamından daha çok genetik bilgiyi. Ve tabii ki bu dünya ile ilgiliçok büyük uygulamalar yapıldı – çiçek hastalığı kökünden çözüldü, rahim ağzı kanseri için aşı geliştirildi, bu da, artık biliyoruz ki insandaki siğil virüsünden kaynaklanıyormuş.

Ve Beijerinck'in keşfi, 500 yıl önce olan birşey de değildi. 100 yıldan biraz daha fazla zaman önce, Beijerinck virüsleri bulmuştu. Yani, arabalarımız vardı, fakat gezegenimizdeki genetik bilginin çoğunluğunu oluşturan virüslerden haberimiz yoktu.

Şimdi bu gizli dünyayı keşfetmek için inanılmaz araçlara sahibiz – derin sıralama gibi,bize sadece yüzeyi inceleyerek belirli bir türün birbirinden ayrı genomlarına bakabilmemizden öte, tüm metagenomlara, her yanımızı kaplayan muazzam sayıdaki mikroorganizmaya bakabilmemizi sağlayan, ve bu türlerin genetik bilgilerini belgeleyebilmemizi sağlayan araçlar. Bu teknikleri artık topraktan deriye her yüzeyde uygulayabiliyoruz.

Organizasyonumda biz bunu artık düzenli olarak yapıyoruz ve kaynağı belirsiz salgınlarınsebeplerini belirlemeye çalışıyoruz.

Bunun nasıl işlediği konusunda bir fikir edinebilmeniz için, düşünün ki her birinizin genzinden bir parça örnek aldık. Bu, grip gibi solunum virüslerini ararken yaptığımız sıradan bir işlem. İlk göreceğimiz şey inanılmaz miktarda genetik bilgidir. Bu genetik bilgiye bakmaya başlasak, bazı şüphelilerle karşılaşırdık – doğal olarak, çok sayıda insan genetik bilgisi, ama aynı zamanda bakteriyel ve virütik bilgiler, çoğu burnunuzda tamamen zararsız durumdalar. Ama aynı zamanda çok şaşırtıcı birşey de görürdük. Bu bilgiye bakmaya başladığımızda, burnunuzdaki bu genetik bilginin yüzde 20'sinin, daha önce gördüğümüz hiçbir şeyle uymadığını görürüz – bitki, hayvan, mantar, virüs, ya da bakteri, hiçbir şeyle. Bunun ne olduğuyla ilgili hiçbir fikrimiz de yok.

Ve aramızda bu tip bilgiler üzerinde eğitim görmüş küçük bir grup, çok azımız, bu bilgiye,biyolojik karanlık madde demeye başladı. Daha önce gördüğümüz birşey olmadığını biliyoruz; Sanki kendi genetik bilgimizin içinde daha haritalanmamış bir kıta gibi. Ve de çok sayıda. Eğer burnunuzdaki genetik bilginin yüzde 20'si fazla karanlık madde gibi geliyorsa, midenizenize baktığımızda, oradaki bilginin yüzde 40 ya da 50'si karanlık madde olacaktır. Ve steril kanda bile, bu bilginin yaklaşık yüzde bir ya da ikisi karanlık maddedir – sınıflandırılamayan, daha önce gördüğümüz hiçbir şeyle eşleşmeyen bir madde.

Önce bunun yapay olabileceğini düşündük. Bu derin sıralama araçları daha yeni. Fakat verdikleri sonuçlar kusursuzlaşmaya başladıkça, Bu bilginin bir yaşam formu olduğuna,ya da en azından bir kısmının yaşam formu olduğuna karar verdik. Ve karanlık maddenin varlığını açıklama hipotezleri daha sadece emekleme dönemindeyken, çok ama çok heyecan verici bir olasılık var ki, o da bu yaşamda, bu genetik bilgide, daha tanımlanamamış yaşam işaretleri olduğu olasılığı. Bu A, T, C ve G dizilerini incelerken,tamamen yeni bir yaşam sınıfını ortaya çıkarabilir ve Beijerinck gibi, biyolojinin doğası hakkında düşüncelerimizi temelden değiştirebiliriz. Belki bu bizi etkileyen bir kanserin, ya da daha önce karşılaşmadığımız bir salgının kaynağını belirlememizi, ya da moleküler biyolojide yeni bir araç yaratmamızı sağlayacak.

Size memnuniyetle açıklayabilirim ki, Stanford, Caltech ve UCSF'deki mestektaşlarımızla birlikte, yeni yaşam formlarının varlığı için biyolojik karanlık maddeyi incelemek üzere bir girişim başlatıyoruz.

Yüz yıldan biraz daha zaman önce, insanlar virüslerden habersizdi, gezegenimizdeki genetik bilginin çoğunu oluşturan yaşam formundan haberimiz yoktu. Bundan yüz yıl sonra, belki de insanlar bizim şimdi tam da burnumuzun dibinde duran yeni yaşam sınıflarından bihaber oluşumuza şaşıracaklar.

Doğru, gezegendeki tüm kıtaları keşfetmiş olabiliriz, ve bulunabilecek tüm memeli türleri ortaya çıkarmış da olabiliriz, ama bu, dünyada keşfedilecek hiçbir şey kalmadığı anlamına gelmiyor. Beijerinck ve onun gibiler, yeni nesil kaşifler için önemli bir ders veriyorlar –Wisconsin Beloit'lu o küçük kız gibi insanlar için. Bu ders de bence şu şekilde ifade edilebilir: Her şeyin şu an ortaya çıkarmış olduklarımızdan ibaret olduğunu düşünemeyiz.Keşfe çıktığınız alan her ne ise, o alandaki karanlık maddemizin peşinden gitmeliyiz.Çevremiz bilimezlerle dolu ve keşfetmemiz için bizi bekliyorlar.

Teşekkür ederim.

(Alkış)

Nathan Wolfe’s mission is to stop the next deadly pandemic before it has a chance to jump from animals to humans. TIME Magazine’s story on the celebrated Virus Hunter is a compelling read.

Nathan Wolfe quoted in TIME on the threat of the next pandemic:

“We sit here dodging bullets left and right, assuming we have an invisible shield, but you can’t dodge bullets forever.”